Les organes de la Commission fédérale pour les questions féminines CFQF sont: le plénum, le comité directeur, la présidente / le président, les groupes de travail, le secrétariat.
Plénum
Le plénum se compose des vingt membres de la commission, dont il est l'organe suprême. Il se réunit en général 4 fois par an sur invitation de la présidente ou du président. Il lui appartient notamment d'approuver le budget, d'établir le programme et de déterminer les projets pour l'année à venir, d'approuver le rapport d'activité, d'adopter les prises de position ainsi que les rapports.
Comité directeur
Le comité directeur est constitué de la présidente / du président et des deux vice-présidentes / vice-présidents. Il se réunit en règle générale six à huit fois par an. Il lui appartient notamment de préparer les séances du plénum et exécuter ses décisions, décider des affaires courantes dans la mesure où cela n'est pas du ressort de la commission dans son ensemble, régler les affaires urgentes qui seront soumises ultérieurement à la commission, coordonner les activités des groupes de travail et des personnes mandatées ainsi que de faire appel à des expertes et experts externes pour des projets et des audits.
Présidente / président
La présidente / le président représente la commission vis-à-vis de l'extérieur, envoie les invitations aux séances et préside le plénum et le comité directeur.
Groupes de travail
Les groupes de travail préparent les affaires pour la commission, effectuent des recherches ou accompagnent des projets. Ils rendent régulièrement compte de leurs activités à la commission. Ils sont dissous au terme de leur mandat.
Le secrétariat participe aux séances du plénum, du comité directeur et des groupes de travail. Il remet à intervalles réguliers au comité directeur et à la commission un rapport sur les activités qu'il exerce au nom de cette dernière.
La directrice du secrétariat participe avec voix consultative à toutes les séances de la commission.